仲裁案件当事人甲公司与乙公司在案件审理过程中通过协商，就已经提交仲裁的争议达成了和解协议。随后申请人甲公司撤回了仲裁申请。后甲公司又反悔，此时两公司的纠纷如何解决?( )。