甲公司与乙公司签订了一份合同，合同中订有仲裁条款，后双方协议解除原合同。两个月后，两公司因合同已履行的部分发生争议，甲公司依原合同中的仲裁条款向有关仲裁委员会提交了仲裁申请，而乙公司则向人民法院提起诉讼，本案应按(　　)处理。