公司私自销毁发票存根和发票登记簿后再报告的做法不符合规定。根据《征管法》规定，已开具的发票存根和发票登记簿，应当保存5年。在保管期内，不得私自销毁，保存期满，报经税务机关查验后，由主管税务机关予以销毁。