与其他能够有效替代化石燃料的能源作物相比，藻类的产油能力十分突出。为提高藻类燃料的出产率，有研究人员致力于开发转基因藻类。但是，反对者认为转基因藻类的大量繁殖会产生毒素，而且会将水体中的氧气消耗殆尽，造成水中其他生物大量死亡，这会导致生态平衡被严重破坏。